实验室实行主任负责制，设有学术委员会指导科研工作。

在组织管理方面，建立了以重点实验室主任负责制为核心的管理体系，并定期征求学术委员会的专业意见，确保战略方向的科学性与前瞻性。同时，健全了常态化运行机制，实行半年度工作推进机制，各学科组每半年向实验室提交阶段性进展报告，及时梳理研究进展、存在问题与发展需求，推动课题任务按计划落实。强化学术咨询与指导功能，严格落实学术委员会年度咨询制度，全年组织召开学术委员会会议2 次，围绕实验室发展方向、课题布局等重大议题开展深入研讨，形成具有建设性的指导意见。完善年度考核评估体系，于每年12 月底前组织完成年度考核工作，督促各研究团队按时提交工作总结与成果材料，为迎接上级主管部门的综合考评奠定基础。

在财务管理方面，结合实验室实际运行需求，完善了《云南省整合人类学重点实验室经费管理实施细则（试行）》，进一步明确了经费使用范围、审批流程与监管责任。实验室每年以10 万元，2 年20 万元用于支持自主课题的研究。自主课题经费分2 年划拨至依托学科组，课题结题验收年限为2 年，需按时提交结题报告并进行成果验收。通过一系列制度的建立与优化，实验室已初步形成“决策—执行—监督—反馈”闭环管理体系，为打造国内领先、特色鲜明的人类学交叉研究平台提供了坚实的制度保障。

实验室依托单位中国科学院昆明动物研究所高度重视本实验室建设，在场地、人员编制、配套经费等方面给予了充分保障。研究所减免了实验空间相关的运行经费，并将在人才引进政策上给予倾斜支持。此外，所领导多次听取项目进展汇报，协调财务、后勤、信息化等部门配合实验室建设，确保财政资金规范使用、项目进度稳步推进。