1. 人群基因组多样性与环境适应的遗传机制
聚焦我国西南地区（特别是云南省）与东南亚地区多样化民族跨境而交叉分布的特点，从群体遗传学、基因组学和生物信息学的角度，利用基因组大数据挖掘的研究策略，摸清该地区人群遗传多样性资源的概况，揭示该地区人群的起源、迁徙与融合历史，探讨该地区多样化人群适应低纬度热带雨林环境的遗传机制，以及环境适应与热带流行病抗性产生的遗传机理。

2. 史前人类文化多样性与文化交融和交流模式
通过开展考古学、古人类学和年代学研究，在百万年的尺度探讨该地区史前人类的起源与定居历史、迁徙路线和年代、区域性文化多样性（石器、生业模式等，比如和平文化）演变的环境与气候背景、狩猎-采集人群与农业人群之间的延续性与替代历史、文化与文明的交融和交流模式等重要的科学问题。

3. 人群文化多样性与语言演变规律
从文化人类学的角度，探讨该地区众多人群的文化多样性、生业模式、语言多样性及其交流与相互模仿借鉴的模式、语言演变的规律等，探索人类对低纬度热带雨林环境的文化适应机制。开展人群文化学系统调查、记录和分析，揭示人类通过石器时代、青铜时代和铁器时代，如何跨入农业文明社会。